結論：個人株主なら「譲渡益の約2割」が税金
オーナー経営者が自分の会社の株式を売却（株式譲渡）した場合、税金は譲渡益に対して20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）です。
給与や不動産所得のような累進課税ではなく申告分離課税なので、譲渡益がいくら大きくても税率は一定です。ざっくり言えば「売却額から2割強を引いた金額が手元に残る」のが出発点のイメージです。
※ 本記事は個人株主が株式譲渡で会社を売却するケースを対象にしています。法人株主の場合や、自己株式の取得（みなし配当が生じるケース）、事業譲渡スキームでは計算がまったく異なります。
手取り額の計算式
手取り額は次の3ステップで計算します。
- 譲渡益 ＝ 譲渡価額 −取得費 − 譲渡費用（M&A仲介手数料など）
- 税額 ＝ 譲渡益 × 20.315%
- 手取り額 ＝ 譲渡価額 − 譲渡費用 − 税額
数値例
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 譲渡価額 | 300,000千円（3億円） |
| 取得費（設立時の出資額） | △10,000千円 |
| 譲渡費用（仲介手数料等） | △10,000千円 |
| 譲渡益 | 280,000千円 |
| 税額（280,000 × 20.315%） | △56,882千円 |
| 手取り額（300,000 − 10,000 − 56,882） | 約233,118千円（約2.3億円） |
3億円で売れても、手元に残るのは約2.3億円。この差を知らずに売却後の資金計画（引退後の生活資金・次の事業の元手）を立てると、大きく狂います。
取得費が分からないときは「売却代金の5%」
創業から年数が経っていたり、株式を相続で引き継いでいたりすると、取得費が分からないことがあります。この場合、国税庁のタックスアンサー（No.1464）では、取得費の額を売却代金の5%相当額とすることも認められるとされています（概算取得費）。
ただし概算取得費を使うと、実際の出資額より取得費が小さくなり税負担が増えるケースが大半です。設立時の定款・出資払込の記録・過去の株式売買契約書など、実際の取得費を示す資料を探す価値は十分にあります。
役員退職金を併用する場合の基本
M&Aの実務では、譲渡対価の一部を役員退職金として受け取る形に調整することがあります。退職金には次の優遇があり、同じ金額を株式の譲渡対価だけで受け取る場合と比べて、全体の税負担が変わりうるためです。
- 退職所得控除: 勤続20年以下は40万円×勤続年数（最低80万円）、20年超は800万円＋70万円×（勤続年数−20年）
- 2分の1課税: 控除後の金額の2分の1だけが課税対象
- 分離課税: 他の所得と合算されない
たとえば勤続30年の創業社長が退職金5,000万円を受け取る場合、退職所得控除は800万円＋70万円×10年＝1,500万円。課税対象は（5,000万円−1,500万円）×1/2＝1,750万円まで圧縮され、これに累進税率が適用されます。
ただし、注意点が3つあります
- 役員等としての勤続年数が5年以下の場合、2分の1課税は適用されません（特定役員退職手当等）
- 過大な役員退職金は、会社側で損金として認められないリスクがあります（適正額の考え方として功績倍率法などの論点があります）
- 分掌変更で残留するケースなどでは退職の実態が問われます
退職金と譲渡対価の配分は、金額の設計次第で売り手・買い手双方の税負担が変わる個別性の高い論点です。実行前に必ず税理士に相談してください。
まず「いくらで売れそうか」の概算から
手取り計算の出発点は譲渡価額、つまり「自分の会社がいくらで売れそうか」です。
ValSimの無料ツールなら、直近の売上高・営業利益・減価償却費・有利子負債などを入力するだけで、EBITDA倍率法による企業価値のレンジを試算できます。出てきたレンジから2割強を引けば、それが手取り額の最初の目安です。あわせて自社株の相続税評価額とM&Aの株価算定の違いも読んでおくと、親族内承継との比較検討がしやすくなります。
※ 本記事は一般的な制度の解説であり、個別の税務相談に代わるものではありません。実際の税額は、株式の取得の経緯、譲渡契約の内容、退職金の設計、他の所得の状況などにより変わります。記事中の税率・控除額は執筆時点のものです。売却の実行にあたっては税理士にご相談ください。